وقعت كل من دولة قطر وجمهورية السلفادور على اتفاقية لتأسيس علاقة دبلوماسية بين البلدين بتاريخ 24 سبتمبر من عام 2003م، وافتتحت جمهورية السلفادور خلال شهر إبريل من عام 2006م، سفارة لها بالدوحة، وهي أول سفارة لجمهورية السلفادور بالدول الخليجية والعربية، كما تم افتتاح سفارة لدولة قطر بالسلفادور عام 2009م، وهي إلى وقتنا الحاضر تعتبر السفارة الخليجية والعربية والإسلامية الوحيدة بالسلفادور